流行性乙型脑炎诊断依据是A、流行季节，伴有高热、惊厥B、高热、惊厥，外周血白细胞增高C、脑脊液细胞数正常，蛋白不增高D、流行季节，高热、意识障碍，脑脊液中特异性IgM阳性E、脑电图及头颅影像学异常

高热为流行性乙型脑炎必有的症状。热度越高，热程越长，则病情越重。呼吸衰竭是本病最严重的表现和主要的死亡原因。而惊厥亦是流行性乙型脑炎患者的严重症状之一。这三者均与病情密切相关，且互为因果，互相影响。因而高热、惊厥和呼吸衰竭是流行性乙型脑炎最主要的凶险症状。

中毒性菌痢好发于夏秋季，起病急骤，中毒症状明显而肠道症状较轻，甚至早期可无消化道症状，主要表现为起病不久很快发生反复惊厥、嗜睡、昏迷，休克和呼吸衰竭。夏季是乙型脑炎的发病季节，因此往往需要与中毒性菌痢鉴别，但其起病略缓，进入极期后才出现明显的神经系统表现，而且很少出现休克。流行性脑脊髓膜炎发病季节主要在冬、春季。结核性脑膜炎起病较缓慢。这些中枢性感染疾病脑脊液均有异常改变。